SIE INSTALA CON ÉXITO EL CLUSTER DEL INSTITUTO DE PARASITOLOGÍA LOPEZ-NEYRA (CSIC)
El pasado día 7 y 8 de junio, Sistemas Informáticos Europeos, puso en marcha, el nuevo clúster SIE Ladon del Instituto de Parasitología y Biomedicina López-Neyra (IPBLN) del CSIC de Granada.
Este clúster estará destinado principalmente para el almacenamiento y análisis de las secuencias obtenidas a través de los nuevos secuenciadores Illumina Nextseq 500 e Illumina MySeq instalados recientemente en el IPBLN. Este equipo, supone el embrión, para el crecimiento en el sistema de cálculo futuro.
Dispone de un total de 128 cores (256 procesos) y 512 GB de RAM, basados en tecnología Intel Broadwell y las plataformas Intel Server S2600TPFR, que pueden trabajar de forma conjunta, gracias a la interconexión Mellanox Infiniband FDR Connect-x 3 a 56 Gb/s en baja latencia.
El sistema de colas SLURM (workload management), en la nueva versión 17.02 (de febrero del 2017), permite aprovechar al máximo la capacidad de cálculo, a la vez que simplifica el reparto de tareas entre todos los nodos. Este sistema de reparto de cargas, es utilizado en 5 de los 10 supercomputadores más grandes del mundo, así como en centros como el BSC (mare nostrum). Esto permite que los investigadores del IPB, puedan lanzar sus cálculos en uno de los entornos más extendidos.
Además, incorpora un almacenamiento inicial de 89 TB de capacidad neta. Este repositorio, es manejado desde un servidor, que permite la exportación de disco global, a través del sistema BeeGFS, que equipa en un solo servidor esta capacidad para datos, además de un área de metadatos de 480 GB, basado en nuevos discos Micron 5100 MAX, que tienen un “endurance” diario de 5 veces su capacidad.
El ecosistema SIE Ladon OS 7 v 9, basado en Centos 7.3 (100% compatible con Red Hat), permite una fácil administración, con herramientas de monitorización como Ganglia, MK check (basada en Nagios), así como de despliegue de aplicaciones, todas ellas Open Source. El equipo incluye 3 años de garantía, con soporte remoto y telefónico.
El sistema está preparado para crecer, dentro del mismo rack, hasta los 1.000 nodos de procesamiento y hasta 1 PB de capacidad de almacenamiento.
En palabras del responsable de la Unidad de Bioinformática, Dr. Eduardo Andrés León, la elección de SIE
como integrador de sistemas HPC, se debe a su experiencia de 18 años en proyectos de este campo, la formación y profesionalidad del equipo instalador y el gran abanico de posibilidades de configuración que SIE ofrece, lo que nos permite emplazar un sistema de computación de alto rendimiento tanto para el análisis de muestras de parásitos, cómo de organismos superiores.
SIE es una compañía con gran experiencia en sistemas de cálculo científico, con gran número de instalaciones y proyectos realizados con éxito. Lleva colaborando muchos años con Intel y actualmente es Intel Technology Provider Platinum Level.
Además, cuenta con la certificación como Intel HPC Specialist y Gigabyte Integrator in Spain. Ha realizado proyectos, que aportan hasta 2 Pflops de potencia de cálculo, tanto en entorno de CPU, Intel Phi y NVDIA GPU.
Somos proveedores de sistemas HPC (clúster, máquinas de cálculo y almacenamiento) del CSIC desde 1999.