SIE LADON BIO: La solución vertical para sectores industriales

Sistemas Informáticos Europeos, es una empresa que cuenta con una experiencia de casi 30 años en el sector informático y 20 en el campo de High Performance Computing (HPC), enfocado a Cálculo Científico.

El grupo de investigación de Bioinformática estructural y computación de alto rendimiento (BIO-HPC) (http://bio-hpc.eu ) de la UCAM (www.ucam.edu) se centra en:

A) El desarrollo de metodologías de descubrimiento de fármacos computacionales avanzadas en arquitecturas de computación de alto rendimiento (HPC).

B) La aplicación de técnicas en dicho desarrollo y enfocadas a varios contextos específicos en el descubrimiento de compuestos bioáctivos para la industria farmacéutica y química entre otras.

Ambas entidades están trabajando de manera conjunta con ”Informática El Corte Inglés” para hacer llegar al mercado industrial la solución SIE Ladon Pharma, SIE Ladon Química y SIE Ladon Agroalimentaria. Tres sistemas sectoriales enfocados para dar una solución rápida y llave en mano en estos 3 escenarios, con el fin de dar un paso más allá en las soluciones HPC.

La investigación de BIO-HPC es multidisciplinaria y se basa en bioinformática estructural, computación de alto rendimiento (HPC) y química física (PC). La Universidad Católica de Murcia ha introducido varios desarrollos metodológicos en bioinformática estructural, implementándolos en arquitecturas HPC (supercomputadoras, GPU) para que otros investigadores puedan acceder a ellos como paquetes de software independientes o herramientas web. Algunos de ellos han sido comercializados directamente en la industria. Han sido aplicados a la biología estructural (modelado de estructuras de ADN y proteínas) y proyectos de descubrimiento de fármacos (anticoagulantes de la sangre, Parkinson, Alzheimer, cáncer, enfermedad de Fabry, antiinflamatorios, virus Zika, etc.) o para el análisis e interpretación de experimentos y datos de proyectos de biología estructural (mutaciones de ADN, formación de complejos, procesos de encapsulación, ciencia de los alimentos, canales iónicos, etc.).

Gracias a los desarrollos de BIO-HPC, ha sido posible identificar y caracterizar más de 25 compuestos bioactivos en varios contextos de relevancia biomédica y biotecnológica. También se han podido analizar y proponer modelos útiles para sistemas moleculares de interés en biomedicina y biotecnología, como los carbohidratos, las proteínas y el ADN. Los principales resultados se han publicado en más de 100 artículos científicos indexados por ISI (16 en el primer decil, como Nature Chemical Biology), y se han conseguido 4 patentes internacionales (2 de ellas con licencia). Han sido galardonados con dos premios de transferencia de tecnología H2020 y han participado en más de 50 proyectos de investigación regionales, nacionales e internacionales atrayendo más de 1,5 millones de euros y recursos de supercomputación.

ACTIVOS OFRECIDOS

• Servicios de investigación basados ​​en contratos a compañías farmacéuticas, alimentarias, químicas y de biotecnología para el descubrimiento y la optimización de nuevos compuestos bioactivos, teniendo especial interés en el reposicionamiento de compuestos. Para tal fin, utilizamos tanto software desarrollado como software académico y comercial estándar (Gromacs, Gaussian, Maestro, etc.).

• Técnica de blind docking, que realiza una búsqueda exhaustiva en toda la superficie de la molécula receptora, pudiendo descubrir nuevos puntos de enlace, superando así a los métodos de acoplamiento clásicos. Esta técnicas no está disponible directamente en los principales programas comerciales de química computacional (Maestro de Schrodinger, Inc, etc.) o Versión en la nube: una versión limitada de la técnica se puede probar libremente en: https://bio-hpc.ucam.edu/achilles

Estos servicios se ven complementados por la incorporación de RCUDA, un sistema desarrollado por la Universidad Politécnica de Valencia, que posibilita virtualizar las GPUs para cálculo, permitiendo de este modo aprovechar la gama de productos Tesla que, debido a su coste, necesitan ser amortizados más eficazmente. Sumado al ahorro de consumo que esto conlleva.

Asimismo, disponemos de sistemas más económicos basados en tarjetas RTX, validas para realizar cálculos en simple precisión, que suelen ser los habituales en el sector. Estos servicios se ven complementados por la incorporación de RCUDA, un sistema

desarrollado por la Universidad Politécnica de Valencia, que posibilita virtualizar las GPUs para cálculo, permitiendo de este modo aprovechar la gama de productos Tesla que, debido a su coste, necesitan ser amortizados más eficazmente. Sumado al ahorro de consumo que esto conlleva.

Para terminar, queremos informarles que SIE Ladon BIO, dentro del que aglutinamos los 3 sectoriales, estará disponible en dos versiones:

•  SIE Ladon BIO WS: Basado en 2 workstations conectadas directamente por Infiniband EDR o HDR, red de baja latencia a 100 y 200 Gb/s respectivamente, enfocada a entornos pequeños en laboratorios y despachos. Esta solución aporta un precio muy ajustado y la posibilidad de tener un sistema de bajo ruido (menos de 20 dB) apto para instalar en cualquier dependencia.
•  SIE Ladon CL: Basado en un servidor y tantos nodos como el cliente necesite, interconectados por una red de baja latencia a través de un switch y como las prestaciones anteriormente comentadas. Estos sistemas, diseñados para ser instalados en CPDs, pueden disponer de más de 4.000 cores trabajando en paralelo, para soportar grandes cargas de trabajo.

En todos los casos, los sistemas podrán ser accedidos de forma clásica por SSH o a través de sencillos interfaces web desarrollados ad hoc para la industria.